Zur direkten Verteilung der Flüchtlinge in andere Bundesländer werden derzeit Sonderzüge aus Passau und Freilassing zur Verfügung gestellt. Die Bayerischen Hilfsorganisationen sind für die Sicherstellung der Begleitung von Einsatzkräften in den Sonderzügen der DB AG zuständig. Die Einsatzkräfte haben die medizinische Erstversorgung bei Notfällen sicherzustellen, gegebenenfalls Transporte in Kliniken zu veranlassen, die Verpflegung der Flüchtlinge während der langen Fahrt auszugeben und bei Bedarf das Zugbegleitpersonal zu unterstützen.
Am Samstag, 02. Januar 2016 stellte die Wasserwacht Ingolstadt ein Team mit 4 Einsatzkräften und begleitete einen Sonderzug mit über 500 Flüchtlingen vom Startbahnhof Freilassing nach Mannheim in Baden-Württemberg. Der Einsatz dauerte knapp 24 Stunden.